殺菌鍋設(shè)備最主要的殺菌方式有兩種，其分別為熱水循環(huán)殺菌以及蒸汽式殺菌。這兩種殺菌方式能夠有效的對產(chǎn)品進(jìn)行殺菌。
熱水循環(huán)式殺菌是通過對殺菌鍋中注入熱水，并使其能夠達(dá)到殺菌的溫度以及熱水可以在設(shè)備內(nèi)部進(jìn)行循環(huán)流動，然后再根據(jù)不同的產(chǎn)品使用不同的殺菌時間的殺菌方式。其更加的適合對食品進(jìn)行殺菌操作。
蒸汽式殺菌則是指通過對殺菌鍋設(shè)備內(nèi)填充高溫蒸汽來進(jìn)行殺菌操作，但這種殺菌方式會因為空氣所擁有的導(dǎo)熱性不良從而會使得殺菌鍋設(shè)備內(nèi)部溫度不均勻，造成產(chǎn)品殺菌不良的現(xiàn)象。
殺菌鍋使用熱水循環(huán)殺菌操作比較適合對一些累積的較為密集的食品進(jìn)行殺菌。其通過將設(shè)備內(nèi)部的水加熱至能夠進(jìn)行殺菌的溫度來進(jìn)行殺菌，擁有較快的加熱速度，從而提高食品質(zhì)量。
殺菌鍋內(nèi)的熱水會在兩分鐘左右就進(jìn)行一次循環(huán)，從而能夠使得設(shè)備內(nèi)部各點(diǎn)上的溫度變化的相對均勻，不易會產(chǎn)生死角。而且殺菌鍋的鍋門采用的是充氣式硅橡膠密封圈，使得其能夠擁有較為穩(wěn)定的密封性能，而且還擁有較長的使用壽命，不發(fā)生突發(fā)狀況時一般能夠使用三年后進(jìn)行更換。
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