你在進行rna建庫時,是否遇到過這樣的困擾:
rna實驗時,有些試劑打開一股臭味襲來,尤其是樣本很多時,這酸爽簡直能把人帶走,讓人不得不懷疑這試劑是不是有毒性;
建庫試劑要求避光,總不能全程黑燈熄火操作吧?
這個毒性以及需要避光的罪魁禍首就是放線菌素d。那么,建庫試劑盒中為什么要加放線菌素d呢?相關資料顯示,放線菌素d(actinomycin d)又稱更生霉素,分子中含有一個苯氧環(huán)結(jié)構,通過它連接兩個等位的環(huán)狀肽鏈。此肽鏈可與dna分子的脫氧鳥嘌呤發(fā)揮特異性相互作用,使放線菌素d嵌入dna雙螺旋的小溝中,與dna形成復合體,阻礙rna多聚酶的功能,抑制rna的合成,特別是mrna的合成。通俗點來說就是,放線菌素d能抑制聚合酶在合成cdna一鏈的過程中同時合成cdna二鏈,這樣,在二鏈合成時才能使用dutp替換dttp。放線菌素d的添加對鏈特異建庫效果較好,能明顯增加建庫試劑盒的鏈特異性。加了放線菌素d的建庫試劑盒,能簡便實驗流程。鏈特異研究時,鏈特異性也大幅度提升,在rna相關的科研上,算是核心之一了。
進口試劑商neb公司的rna建庫試劑盒,也做了對比,含放線菌素d和不含放線菌素d,鏈特異性上差別很大。
圖.n*公司對是否添加放線菌素d的對比實驗結(jié)果
(圖片來自neb)
從圖中可以看到,90%以上的reads都比對到了預期的正義鏈上,說明含放線菌素d的測序文庫的鏈特異性良好。
但是,放線菌素d有它自身的弊端:有一定毒性,還需要避光。在目前這種預混版建庫試劑盒甚至是板式建庫試劑盒需求與日俱增的時代,需要避光限制了板式試劑盒的進步。現(xiàn)在,再也不用擔心放線菌素的問題了。翌圣生物酶進化平臺zymeeditor進化了一款新型酶,該酶替換了放線菌素d的功能,且無臭無毒,還無需避光,并且鏈特異性上還更勝,再也不用擔心健康問題和避光問題了!翌圣生物,注重客戶體驗,在rna建庫試劑盒的研究上,一直在不斷突破。
圖.翌圣rna建庫試劑盒進化軸
什么?不含放線菌素d的試劑盒性能怎么樣?我們來上一波數(shù)據(jù)吧,用數(shù)據(jù)說話。
圖.含放線菌素d和不含放線菌素d的試劑盒使用同一樣本不同投入量的鏈特異性對比
使用舊版試劑盒(含放線菌素d)和新版試劑盒(不含放線菌素d)在分別投入10 ng、1 μg和4 μg進行建庫時,文庫產(chǎn)量相當。
圖.含放線菌素d和不含放線菌素d的試劑盒使用同一樣本不同投入量的鏈特異性對比
使用舊版試劑盒(含放線菌素d)和新版試劑盒(不含放線菌素d)在分別投入10 ng、1 μg和4 μg進行建庫時,鏈特異性相當。在低投入時,新版不含放線菌素d的試劑盒鏈特異性更高。
產(chǎn)品推薦產(chǎn)品名稱
貨號
規(guī)格
newhieff ngs ® evomax rna library prep kit(dutp)鏈特異性預混版total rna建庫試劑盒(不含放線菌素d)
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hieff ngs® ultima dual-mode rna library prep kit(premixed version)預混版total rna建庫試劑盒(含放線菌素d)
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hieff ngs® mrna isolation master kit v2mrna純化試劑盒v2
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hieff ngs maxup human rrna depletion kit(rrna & its/ets)人/小鼠/大鼠核糖體rna去除試劑盒
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hieff ngs® maxup rrna depletion kit(plant)植物核糖體rna去除試劑盒
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hieff ngs® magsp rrna removal kit (bacteria(g- and g+)) with purification beads細菌核糖體rna去除試劑盒
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