cleanplex®是一種超可擴(kuò)展且超靈敏的ngs 擴(kuò)增子測序技術(shù)。它具有高度先進(jìn)的專有多重 pcr 引物設(shè)計(jì)算法、極其均勻的多重 pcr 擴(kuò)增化學(xué)物質(zhì)和創(chuàng)新的背景清潔化學(xué)物質(zhì)。它們共同使得 cleanplex 即用型和定制 ngs 面板能夠突破傳統(tǒng)的基于擴(kuò)增子和基于混合捕獲的目標(biāo)富集技術(shù)的限制。
功能亮點(diǎn)：
超高的擴(kuò)增均勻性和超低的pcr背景噪音（更準(zhǔn)確的變異調(diào)用或更低的測序成本）
單管 3 小時(shí)工作流程，手動(dòng)操作時(shí)間最少（輕松自動(dòng)化）
兼容困難樣品（降解的ffpe dna、ffpe rna、cfdna、cfrna）和主要測序平臺（illumina、ion torrent、genapsys、mgi dnbseq）
高的靈敏度（低至單細(xì)胞水平直接擴(kuò)增*）
出色的面板大小可擴(kuò)展性，單個(gè)多重 pcr 池中的擴(kuò)增子數(shù)可達(dá) 20,000 多個(gè)
檢測和分析單核苷酸變異（snv）、小插入和缺失（indels）、拷貝數(shù)變異（cnv）、基因融合/剪接變異、基因表達(dá)水平、腫瘤突變負(fù)荷（tmb）、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（msi）、內(nèi)部串聯(lián)復(fù)制（itd）等
以下是從 dna 提取到測序數(shù)據(jù)分析的高級靶向測序工作流程（圖 1）。目標(biāo)富集和文庫制備工作流程（步驟 2）至關(guān)重要，通常決定測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量。
以下是 cleanplex dna 擴(kuò)增子測序文庫制備的典型工作流程（圖 2）。 cleanplex dna 工作流程涉及 3 個(gè)簡單步驟，每個(gè)步驟包括熱循環(huán)或孵育反應(yīng)，然后使用磁珠進(jìn)行文庫純化。簡化的方案僅需 3 小時(shí)即可完成。在步驟 1 中，在多重 pcr 反應(yīng)中擴(kuò)增感興趣的靶標(biāo)。在步驟 2 中，引物二聚體、非特異性 pcr 產(chǎn)物和復(fù)雜的分子碎片在具有創(chuàng)新和專有 cleanplex 背景清潔化學(xué)的消化反應(yīng)中被生化去除。在步驟 3 中，通過 pcr 索引反應(yīng)為文庫添加樣本索引條形碼。輸入材料可以是基因組 dna 和從 ffpe、新鮮/冷凍組織或血液活檢中提取的 dna。通過在前面添加逆轉(zhuǎn)錄步驟，輸入材料也可以是rna。 （圖3）